Первые контакты мусульман с Индией осуществлялись через арабских купцов. Но влияние ислама не было ощутимым до 1001 г., когда набеги Махмуда Газни на субконтинент привели к разрушению Сомнатха и захвату Пенджаба. Однако только с приходом в 1526 г. Бабура, первого могольского императора, произошло окончательное завоевание севера.

Правление Моголов в целом отличалось веротерпимостью. Время от времени вводилась джизья (подушный налог на немусульман), однако брамины чаще всего освобождались от уплаты налога или платили умеренную сумму подати. Правители вступали в смешанные браки с принцессами Раджпута, и при дворе поощрялось введение индусских обычаев. Храмы получали дотации от правительства. Многое из этого забылось индийцами в XX в., а именно теми, которые твердят о чуждой природе ислама, или теми религиозными деятелями, которые связывают индуизм с индийским национализмом. Для этих людей типичным представителем могольского владычества был император Аурангзеб (1658—1707). Он разрушал храмы, заменял их мечетями, безжалостно вводил джизью и закрывал индусские школы. Его благочестие породило разлад среди мусульман, поскольку он ввел строгий кодекс суннитской морали для своих мусульманских подданных, которые, как и индусы и сикхи, привыкли к свободному веротерпимому режиму, повсеместно процветавшему во время правления Акбара Великого (1556—1605). Продолжительный упадок власти Моголов начался с императора Аурангзеба, чья захватническая политика позволила парадоксальным образом расширить границы империи до мыса Каморин, южной оконечности Индии, но привела в конечном счете к повсеместным бунтам против его правления.