Религии в России по закону разведены на «традиционные» и «нетрадиционные». До разделения, во времена гонений их судьба была общей. В то время по сфабрикованным судебным обвинениям в СССР были невинно осуждены не одни кришнаиты. На одних нарах с ними очутились и православные, и католики, и протестанты, и многие другие, кто также представлял собой «угрозу» существующему строю. Некоторые события показывают, что с начала 1990-х годов положение изменилось. Например епископ Читинский и Забайкальский Палладий в своем послании прямо подстрекал казаков изгонять все неправославные культы силой: «Лжепророков и учителей — вон из России!» Вот уже в течение многих лет Московская патриархия распространяет несколько раз переизданную брошюрку неизвестного автора «Христос и Кришна — свет и тьма», в которой Кришну, объект поклонения миллионов индусов во многих странах мира, обозвали «дьяволом», а «Бхагавад-гиту» — «развратной книгой».

Нападение на храм Кришны в Ростове-на-Дону

Вечером 22 июня 1995 года к храму кришнаитов в Ростове-на-Дону подъехали три автомобиля и несколько мотоциклов. Около 20-ти молодых людей (некоторые из них были одеты в маскировочную униформу), вооружённые дубинками, металлическими прутьями и сапёрными лопатками, ворвались в храм, где шло вечернее богослужение.

Нападавшие начали крушить всё, что попадалось им на пути. Безоружных и не сопротивлявшихся верующих, в том числе женщин, били по головам. Один из нападавших со словами: «Ты же русская, зачем нацепила на себя эту тряпку?» попытался сорвать с женщины сари. Побоище продолжалось около 10 минут, после чего молодые люди уехали, оставив лежать вайшнавов в лужах крови, среди обломков разбитого алтаря. Десять особо тяжело раненых были госпитализированы с переломами и многочисленными травмами. 25-летний Эдуард Устинов с проломленной головой в течение нескольких недель находился в реанимации. Как выяснилось, нападению предшествовала «антикультовая» кампания в местной и центральной прессе.[16]

Следствие установило, что в нападении участвовали члены ультраправых шовинистических организаций «Русский национальный собор» и «Русское национальное единство», действующих под лозунгом «защиты христианства на Руси». Нападение было произведено под руководством православного священника Сергия (Румянцева).[17]

Конфликт православных с кришнаитами в Анапе

В сентябре 2005 года, во время проведения вайшнавского «фестиваля ведической культуры» в Анапе, местные православные христиане и казаки под предводительством православного священника устроили демонстрацию протеста, выражая недовольство проводимым кришнаитами фестивалем.[18] Участвовавшие в демонстрации вышли на улицы с транспарантами: «Утопим нечисть в море!», «Веды — назад в преисподнюю!», «Ведическая культура — культура Гитлера!». СМИ описали случившееся следующим образом:     Поскольку среди одетых в камуфляж личностей были и люди нетрезвые, ситуация оказалась очень накалённой. Призывы «утопить нечисть в море» переросли в конкретные действия — агрессивные молодчики перевернули палатку с книгами, топтали портрет вайшнавского святого, срывали фестивальные плакаты. Как отмечает свидетель событий, конфликт не перерос в кровопролитие только благодаря присутствию милиции и мирному настрою кришнаитов, которые, как и полагается людям религиозным, проявляли смирение и не реагировали на провокации.

Инициированные устроителями фестиваля переговоры, которые велись в присутствии властей, закончились тем, что бабушки и казаки, проявившие религиозную нетерпимость, покинули территорию санатория. Возможность проводить фестиваль за кришнаитами сохранили, однако запретили им появляться в городе в традиционной индийской одежде. Ограждённый забором и охраняемый милицией санаторий оказался чем-то вроде гетто, выйти из которого можно было только переодевшись.

Как отмечают наблюдатели, священники, отдававшие приказы разъяренной толпе, в своих действиях руководствовались, разумеется, не Евангелием, а «изысканиями» сектоведа Александра Дворкина, который известен своей крайней непримиримостью по отношению к новым религиям, распространяющимся в стране.